1. Sinh trưởng trong 1 diện tích tương đối chật hẹp trong lòng chậu, cây dễ trở nên còi cọc khi không được cung cấp đủ chất dinh dưỡng. Quan điểm cho rằng cây được thu nhỏ bằng cách để sống trong môi trường nghèo dinh dưỡng là hoàn toàn sai lầm. Thậm chí đất cằn thì rễ sẽ càng cố vươn xa để kiếm dinh dưỡng, kết quả là nó sẽ bò dài loằng ngoằng trong chậu. Thời điểm, lượng và loại phân cần bón cho cây tùy thuộc vào thời điểm của từng giai đoạn tạo dáng, nhu cầu phát triển cụ thể của cây. Một cây non, đang trong giai đoạn nuôi cành, rễ cần 1 lượng phân bón nhiều hơn để cây phát triển nhanh và mạnh mẽ. Do đó bạn cần loại phân bón có hàm lượng Ni tơ (đạm) cao. Tuy nhiên với 1 cây bonsai đã trưởng thành và cứng cáp lại cần rất ít phân bón để cành và lá không phát triển quá rậm rạp. Bằng cách bón phân phù hợp, bạn có thể kiểm soát chính xác nhất sự tăng trưởng của cây theo ý mình.

2. Phân bón lỏng có lợi thế là có thể nhanh chóng cải thiện tình trạng úa vàng của cây. Không nên dùng quá liều lượng ghi trên bao bì. Hoặc có thể sử dụng liều lượng thấp hơn bình thường. Khoảng từ 1 nửa đến 3/4 liều lượng ghi trên bao bì là hợp nhất để bảo vệ rễ cây không bị nóng dẫn đến tình trạng rễ bị cháy hoặc hư, thối. Bón phân làm nhiều lần, mỗi lần 1 ít sẽ tốt hơn bón ít lần với hàm lượng quá cao. Trước khi bón phân cho cây tôi thường tưới nước thật kỹ nhằm tạo điều kiện cho cây hấp tụ thật tốt và hấp thụ hoàn toàn lượng phân bón. 1 điều lưu ý nho nhỏ là cũng đừng nên tưới phân lỏng cho cây vào những ngày mưa lớn, vì nước mưa có thể cuốn trôi đi phân bón trước khi cây có thể hấp thụ được. Cách bón phân tốt nhất là như người Nhật thường làm: họ đựng phân trong những rổ nhựa nhỏ và đặt trên mặt chậu. Phân sẽ dần dần tan vào đất trong quá trình tưới. Việc đặt phân trực tiếp trên mặt chậu khiến phân tan quá nhanh gây bí đất, trộn phân vào đất thì càng gây bí đất hơn.

3. Phân bón chứa 3 thành phần cơ bản, hay còn được gọi là NPK. Nitơ cần cho cành lá. Phốt pho cần cho rễ. Kali cần cho hoa. Do đó 1 loại phân bón có tỉ lệ NPK là 10:5:5 có hàm lượng nito cao sẽ cần cho sự tăng trưởng mạnh của cây. Để kích thích cây ra hoa, sử dụng phân giàu Kali. Với 1 cây bonsai đã thành thục với đầy đủ chi tiết cành nhánh nên dùng loại phân không có hàm lượng Nito hoặc rất ít. VD: 1 loại phân bón đặc biệt với tỉ lệ NPK là 0:5:5 (thực tế là cây vẫn cần nito, nhưng không nhiều và lượng nito sẵn có trong đất trồng là đủ).

4. Phân hóa học có tác dụng nhanh nhưng dễ gây sốc, cháy rễ. Phân hữu cơ, phân vi sinh an toàn hơn. Nếu bón phân hữu cơ nên ủ khoảng 1 năm rồi mới bón. Việc bón trực tiếp rau muống, phân bò, phân lợn v.v chưa qua ủ hoai vào gốc cây cũng giống như bắt người ăn gạo sống vậy, rất khó hấp thụ mà lại dễ gây nấm bệnh.

5. Những loại phân bón phân hủy chậm có thể dùng bổ sung cho phân bón lỏng và có tác dụng rất tốt. Những loại phân bón này thường có nhiều hình dạng khác nhau như dạng bánh, viên và bột. Sự phát triển của mỗi cây bonsai có thể được điều chỉnh 1 cách dễ dàng thông qua việc tăng hoặc giảm số lượng viên phân bón trên bề mặt chất trồng.

6. Chỉ những cây có bộ rễ khỏe mạnh, cứng cáp mới được bón phân. Với những cây vừa cắt rễ, hoặc thay chậu mới thì ít nhất là sau khoảng 15-20 ngày mới được bón lần đầu tiên.

7. Và vài điều lưu ý cuối cùng. Đó là sử dụng nhiều loại và dạng phân bón khác nhau, luân phiên trong suốt chu kì sinh trưởng và phát triển để đảm bảo cây hấp thụ được đầy đủ dinh dưỡng và khoáng chất nhất. Dùng phân bón lá là một phương pháp rất hữu hiệu để phục hồi sức khỏe cho những cây đã bị suy yếu bộ rễ.